Bahagian tanah besar Tokyo berada di barat laut Teluk Tokyo dan jaraknya kira-kira 90 km timur ke barat dan 25 km utara ke selatan. Metropolis Tokyo bersempadan dengan wilayah Chiba di timur, wilayah Yamanashi di barat, wilayah Kanagawa di selatan, dan wilayah Saitama di utara. Tanah besar Tokyo dibahagikan kepada wad-wad khas (yang menduduki bahagian timur) dan kawasan Tama yang memanjang ke arah barat.

Juga dalam sempadan pentadbiran Tokyo Metropolis adalah dua gugusan pulau di Lautan Pasifik secara langsung selatan: Kepulauan Izu, dan Kepulauan Ogasawara, yang memanjang lebih 1,000 km jauhnya dari tanah besar Jepun. Disebabkan wujudnya pulau-pulau ini dan kawasan-kawasan pergunungan di barat, angka kepadatan penduduk keseluruhan Tokyo jauh rendah berbanding angka sebenar untuk kawasan bandar dan pinggir bandar Tokyo.

Mengikut undang-undang Jepun, Tokyo ditentukan sebagai sebuah to (都), atau terjemahannya metropolis.[14] Struktur pentadbirannya serupa dengan wilayah-wilayah lain di Jepun. Di dalam Tokyo terletaknya berpuluh-puluh entiti yang lebih kecil yang sering dianggap sebagai bandaraya, termasuk 23 wad khas (区 -ku) yang pernah membentuk Bandaraya Tokyo sehingga tahun 1943, tetapi kini merupakan kawasan perbandaran yang berasingan dan berkerajaan sendiri, setiap satunya ditadbir oleh datuk bandar dan majlis, serta memegang taraf bandaraya.

Selain 23 perbandaran tersebut, Tokyo juga merangkumi 26 lagi bandaraya (市 -shi), lima bandar (町 -chō atau machi), dan lapan kampung (村 -son atau -mura), setiap satunya ditadbir oleh kerajaan tempatan. Kerajaan Metropolitan Tokyo diketuai oleh seorang gabenor dan perhimpunan metropolitan undian awam. Ibu pejabatnya terletak di daerah Shinjuku. Kerajaan Metropolitan mentadbir seluruh wilayah metropolis Tokyo, termasuk, sungai, empangan, ladang, pulau terpencil, dan taman negara selain belantara neon, pencakar langit dan keretapi bawah tanah di bandaraya.

Wad khas

Wad-wad khas (特別区, tokubetsu-ku) di Tokyo pernah merangkumkan kawasan yang dahulunya diperbadankan sebagai Bandaraya Tokyo. Pada 1 Julai 1943, Bandaraya Tokyo digabungkan dengan Wilayah (Prefektur) Tokyo (東京府, Tōkyō-fu) untuk membentuk "wilayah metropolitan" masa kini. Hasilnya, berbeza dengan wad-wad bandaraya lain di Jepun, wad-wad khas di Tokyo ini bukan sebahagian bandaraya berperbadanan yang lebih besar.Setiap wad ialah sebuah kawasan perbandaran dengan datuk bandar dan perhimpunan terpilih sama seperti bandaraya lain di Jepun. Wad-wad ini berlainan dari bandaraya lain kerana hubungan pentadbiran yang unik bersama kerajaan wilayah. Fungsi-fungsi perbandaran tertentu seperti kerja air, pembetungan, dan bomba, diuruskan oleh Kerajaan Metropolitan Tokyo. Untuk membayar kos pentadbiran tambahan, kerajaan wilayah mengutip cukai perbandaran yang biasanya dikenakan oleh kerajaan wad.[15]

Wilayah Tokyo mempunyai 23 wad khas yang terdiri dari: